No dia 20 de julho de 1978, foi criado o Instituto de Ensino Superior de Cáceres, que traz em sua história a marca de ter nascido no interior. Com base na Lei nº 703, foi publicado o Decreto Municipal nº 190, criando o Instituto de Ensino Superior de Cáceres (IESC), vinculado à Secretaria Municipal de Educação e à Assistência Social, com a meta de promover o ensino superior e a pesquisa. Passa a funcionar como Entidade Autárquica Municipal em 15 de agosto do mesmo ano.

Por meio do Decreto Federal nº 89.719, de 30 de maio de 1984, foi autorizado o funcionamento dos cursos ministrados pelo Instituto. Em 1985, com a Lei Estadual nº 4.960, de 19 de dezembro, o Poder Executivo institui a Fundação Centro Universitário de Cáceres (FUCUC), entidade fundacional, autônoma, vinculada à Secretaria de Educação e Cultura do Estado de Mato Grosso, que visa promover a pesquisa e o estudo dos diferentes ramos do saber e a divulgação científica, técnica e cultural.

A Lei Estadual nº 5.495, de 17 de julho de 1989, altera a Lei nº 4.960 e, atendendo às normas da legislação de Educação, passa a denominar-se Fundação Centro de Ensino Superior de Cáceres (FCESC).

Em 1992, a Lei Complementar nº 14, de 16 de janeiro, a Fundação Centro de Ensino Superior de Cáceres (FCESC) passa a denominar-se Fundação de Ensino Superior de Mato Grosso (FESMAT). A expansão da instituição para outras regiões de Mato Grosso ocorre na década de1990, com a abertura dos núcleos fora de Cáceres. O primeiro a ser criado é o de Sinop em 1990, os de Alta Floresta, Alto Araguaia, Nova Xavantina, Pontes e Lacerda e Luciara em 1991, Barra do Bugres e Colíder em 1994, Tangará da Serra em 1995, e Juara em 1999, entrando em efetivo exercício em 2001.

Em 15 de dezembro de 1993, através da Lei Complementar nº 30, institui-se a Universidade do Estado de Mato Grosso (Unemat), mantida pela Fundação Universidade do Estado de Mato Grosso (Funemat), e transformou em câmpus os antigos núcleos pedagógicos. Em 10 de janeiro de 1995, o Conselho Estadual de Educação de Mato Grosso homologa e aprova os Estatutos da Funemat e da Unemat por meio da Resolução nº 001/95-CEE/MT, publicada no Diário Oficial do Estado de Mato Grosso em 14 de março de 1996.

Em 10 de agosto de 1999, a Universidade é credenciada pelo Conselho Estadual de Educação por cinco anos, passando então a gozar de autonomia didática, científica e pedagógica. Em 22 de março de 2012 a instituição foi recredenciada por 06 (seis) anos pela Portaria 002/2012-GAB/CEE/MT, publicada no Diário Oficial do Estado de 21/03/2012.

Em setembro de 2013, a Unemat recebeu em transferência os cursos de graduação em Direito, Enfermagem, Educação Física e Administração que eram oferecidos pela Uned (Faculdade de Ciências Sociais e Aplicadas de Diamantino) e,em dezembro do mesmo ano, a Unemat assumiu os cursos da União do Ensino Superior de Nova Mutum (Uninova), assim como a transferência dos bens móveis e imóveis para a Unemat, passando a ter então 13 câmpus.

Hoje, a Unemat possui 13 câmpus, 17 núcleos pedagógicos e 24 polos educacionais de Educação a Distância. Cerca de 22 mil acadêmicos são atendidos em 60 cursos presenciais e em outros 129 cursos ofertados em modalidades diferenciadas. Atualmente, a instituição conta com quatro doutorados institucionais, quatro doutorados interinstitucionais (Dinter), três doutorados em rede, 11 mestrados institucionais, um mestrado interinstitucional (Minter) e cinco mestrados profissionais.

A Unemat, desde sua criação, desenvolve ações pioneiras para atender à população de Mato Grosso e às demandas específicas do Estado, tanto para formação de professores como para formação de diversos profissionais de diferentes áreas do conhecimento.

O programa Parceladas da Unemat foi criado em 1992 como uma modalidade diferenciada de ensino, com objetivo de atender às demandas de formação de professores em diferentes regiões de Mato Grosso. O modelo de formação presencial oferecido em regime parcelado ou em regime contínuo serviu de exemplo para outras universidades brasileiras.

O ensino a distância passou a ser ofertado pela Unemat em 1999, com objetivo inicial de formar professores da rede pública nos cursos de Pedagogia e Educação Infantil. A partir de 2008, a instituição integrou o Sistema Universidade Aberta do Brasil (UAB), passando a ofertar cursos que beneficiam toda a comunidade. Em 2010, a Unemat passou a oferecer por meio da UAB também cursos de bacharelados e atualmente também oferta cursos de especialização lato sensu em diferentes áreas.